被害

小穂は斑点（黒蝕）米をつくるカメムシ類を誘引し、被害を助長する。

生態

関東地方以西では越冬株からも萌芽するが、通常種子から発生する。防除対象は主に種子発生である。
種子は深い休眠性を持ち、冬から春に低温などで覚醒する。15℃以上の湛水条件下で発芽する。湛水代かき土中からの出芽は1㎝以内が多いが、深いもので3㎝からも出芽する。発生位置の深い個体では生長点が除草剤の処理層の近くに達せず、除草剤の効果が変動することがある。土中での種子の寿命は10～20年。

防除

多くのスルホニルウレア系成分を含む一発処理剤で防除できる。しかし、スルホニルウレア系除草剤に対する抵抗性生物型が存在し、それに対してはイヌホタルイに有効な成分を含む一発処理剤、または中・後期剤を処理する。